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Correlación de ADN no codificante con ADN codificante

Correlación de ADN no codificante con ADN codificante


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Secuenció el primer exón del gen MC1R de 15 labradores (ADN genómico) para buscar la mutación de pérdida de función (C.916C> T) y, como era de esperar, estaba donde debería haber estado (par de bases 916). Al comparar los SNP con el fenotipo de los perros, encontré una segunda mutación que también se correlacionó al 100% con el fenotipo de los perros. La mutación se localiza 45 pares de bases antes del codón de inicio del primer exón. En lo que a mí respecta, la región que se encuentra justo antes del primer exón no debería ser parte del ADN codificante. Si es así, ¿por qué esta mutación pudo haberse conservado evolutivamente? ¿O simplemente me equivoco en el sentido de que la mutación antes del primer exón también podría ser parte del gen de MC1R (lo que significa que habría un intrón antes del primer exón que no estoy seguro de que sea posible)?


Si tiene 2 mutaciones diferentes (independientemente de dónde se encuentren con respecto al producto genético final), y ambas se correlacionan perfectamente con un fenotipo dado (y ha descartado cualquier otra causa potencial), no puede decir formalmente, si el la primera mutación, o la segunda, o ambas mutaciones son necesarias para su fenotipo. (Aunque puede hacer conjeturas fundamentadas o confiar en información externa ...)

Las mutaciones con pérdida de función no tienen que estar en la región codificadora de proteínas (sino simplemente en una parte del genoma, que es necesaria para la expresión de un gen hacia un fenotipo).

Los polimorfismos también pueden ser neutrales, especialmente en animales criados o seleccionados artificialmente, como los animales parecidos a lobos que ahora llamamos labradores. Fácilmente podría imaginar un escenario en el que algunas mutaciones neutrales estuvieran presentes en un individuo, que tendría una mutación deseable / seleccionable. Si esa mutación neutra está a unos 100 pb de la mutación seleccionada, es poco probable que se haya desacoplado del rasgo / mutación seleccionado.


La región en el ARNm corriente arriba del sitio de inicio es 5 'UTR; Región 5 'sin traducir. A veces, los UTR tienen funciones reguladoras. O bien, la mutación UTR podría estar lista para el viaje y no tener ningún efecto en absoluto. Por lo general, no puede mirar un SNP que no codifica y saber si es funcional sin otra información a menos que interfiera con una de las primeras bases de un sitio de empalme conocido.

EDITAR: todavía no entiendo. ¿La mutación está en el primer exón, antes del codón de inicio, o está aguas arriba del primer exón? No hay un sitio de corte y empalme corriente arriba del primer exón.


Solo para aclarar, la mutación está 45 pb corriente arriba del sitio de inicio de la proteína y fuera del primer exón. (el primer exón no necesitaba contener el sitio de inicio de la proteína. Hay ARNm donde el sitio de inicio de la proteína está en el segundo exón)

1 - Su ARNm no comienza donde cree que lo hace. Las proteínas de los mamíferos tienen múltiples isoformas. Y quizás su proteína de interés tenga una isoforma funcional con un sitio de inicio alternativo más arriba.

2- Los labradores son una línea endogámica. La mayoría de las razas de perros son endogámicas. Quizás la mutación fuera del exón esté ahí para el viaje.

3- La mutación ha dañado al promotor. Tu gen está bien. Pero dado que el promotor ha sido una mutación, la expresión génica está ahora por debajo de los niveles necesarios para el fenotipo normal principal.

4- Se ha omitido el inicio del primer exón. La mutación está en el exón, específicamente en el 5UTR. Y esta mutación ha afectado la unión de los ribosomas de alguna manera.


¿Cuáles son las relaciones entre las hebras de ADN codificantes y no codificantes?

La transcripción del ADN requiere el uso de hebras codificantes y no codificantes, lo que ocurre cuando la información de los genes crea las macromoléculas necesarias para crear vida. Todos los organismos vivos, con la excepción de algunos virus y bacterias, requieren ADN, ya que lleva la información genética del organismo. La transcripción no podría ocurrir sin ADN codificante y no codificante.


Epigenética y epigenómica

Jennifer Wu, Myles Brown, en Hematología (séptima edición), 2018

Dominios funcionales de cromatina

Las regiones de ADN reguladoras, no codificantes, pueden tener una variedad de funciones diferentes (ilustradas en la figura 2.1A), clasificadas de diversas maneras como promotores, potenciadores / silenciadores, superencesores y aislantes. Los promotores se encuentran típicamente dentro de 1 a 2 kb del sitio de inicio de la transcripción (TSS) de un gen. Como mínimo, los promotores dependientes de la ARN polimerasa II contienen sitios de unión para los factores de transcripción generales, la proteína de unión a la caja TATA (TBP) y el factor de transcripción IIB (TFIIB), que forman el núcleo del complejo transcripcional. Los sitios de unión del factor de transcripción dentro del promotor modulan la expresión génica mediante el reclutamiento de enzimas modificadoras de histonas y coactivadores o correpresores transcripcionales.

Un potenciador / silenciador es una región corta (de 50 a 1500 pb) de ADN que puede unirse mediante factores de transcripción para aumentar / disminuir la probabilidad de que se produzca la transcripción de un gen en particular. Los potenciadores / silenciadores pueden actuar tanto en cis (dentro de un cromosoma) y rara vez en trans (entre cromosomas), puede ubicarse hasta 1 Mb de distancia del gen y puede estar aguas arriba o aguas abajo del TSS. Los promotores interactúan físicamente con sus potenciadores o silenciadores asociados a través de un "bucle" de cromatina tridimensional facilitado por complejos proteicos mediadores y cohesinas (fig. 2.1D). Los genes pueden estar regulados por varios potenciadores / silenciadores, y cada potenciador / silenciador puede modular la expresión de uno o más genes. Un superenhancer es un grupo de potenciadores asociados física y funcionalmente que regulan genes críticos para la identidad celular. Los superpotenciadores se caracterizan por altos niveles de modificación de histonas asociadas con el potenciador y se unen a altos niveles de factores de transcripción específicos del tipo celular y que definen el linaje (conocidos como factores de transcripción "maestros").

Los aislantes ayudan a restringir el conjunto de genes que un potenciador puede modular al bloquear las interacciones físicas entre potenciadores y promotores. Los aislantes están unidos por cohesina y proteínas CTCF y forman límites entre genes silenciados y activos. Los grupos de aislantes separan la heterocromatina de la eucromatina, y los segmentos de cromatina activa delimitados por estos grupos se conocen como dominios topológicos, es decir, regiones genómicas dentro de las cuales se produce la regulación.


Correlación de ADN no codificante con ADN codificante - Biología

(Redirigido desde No- codificación hebra) Saltar a: navegación, búsqueda . es un no- codificación hebra complementario al codificación secuencia de ARNm esto.
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Al referirse a la transcripción del ADN, el hebra de codificación es el ADN hebra que tiene la misma secuencia de bases que la transcripción de ARN producida. Es esto hebra que contiene codones, mientras que el no-hebra de codificación contiene codones anti.
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codificación hebra Una de las dos hebras de ADN que se transcribe. También llamado sentido hebra. . Identifica el codificación y no-codificación hebra del adn en 5 '.
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Bar Codificación Bar codificación es una tecnología de identificación automática que permite recopilar datos. Identifica el codificación y no-codificación hebra del adn en 5 '.
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¿El 'no-codificación' hebra ¿código? P M Sharp. el análisis muestra que el no-codificación hebra tiene las propiedades esperadas de a.
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. la región promotora, no-codificación hebra y codificación hebra, respectivamente, del. Im poliamidas que se dirigen a la codificación hebra representan un enfoque novedoso para.
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. ¿Cuál es la secuencia contenida en el no-codificación hebra del mismo fragmento de ADN? . codificación hebra será el que produzca ARN y el otro el no .
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Entonces el no-codificación hebra es solo el otro hebra que no se usó. AGACTTGCAACTTGA - & gt codificación TCTGAACGTTGAACT - & gt no-codificacióna) hay 15 bases.
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Antisentido hebra. Definición (es) La no-codificación hebra en ADN de doble hebra. El antisentido hebra sirve como plantilla para la síntesis de ARNm. .
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Secuencias específicas en el no codificación hebra de ADN se reconocen como la señal. No-codificación Secciones de reconocimiento de ADN -5 'en negrita.
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Tres cortos adicionales no-codificación las regiones están presentes en las uniones de genes. . También hay una importante hebra asimetría, siendo el hilo J más.
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No-codificación El ADN es el hebra de ADN que no contiene la información. los no-codificación hebra es la imagen especular del codificación hebra y también es conocido.
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La secuencia de un codificación (sentido, no-plantilla) hebra de ADN, lea 5 '- 3'. función y no-función: cambios en el ADN codificación secuencia (mutaciones) puede.
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ADN y ARN no codificantes

Esta sección se centra en el análisis experimental y computacional del ADN no codificante y de los numerosos ARN cortos y largos que se transcriben a partir de los genomas de organismos eucariotas. Los temas adecuados incluyen los principios de arquitectura y organización genómica, estudios intragenómicos e intergenómicos de regiones reguladoras, mecanismos de biogénesis y procesamiento del ARN, análisis bioquímicos y moleculares de ARN individuales o de clases de ARN, elucidación de las interacciones moleculares entre ARN y sus objetivos, examen funcional de las funciones de los ARN en el contexto de un tipo de célula o estado celular específico, e investigaciones a nivel de sistema de categorías de ARN actualmente no caracterizadas o mal caracterizadas.

Sobreexpresión de miR-146b y su papel regulador en la viabilidad, proliferación y apoptosis de las células epiteliales intestinales en lechones

El estrés del destete afecta al intestino delgado de los lechones. MiR-146b se expresa diferencialmente en lechones lactantes y destetados. En este estudio, evaluamos los efectos de miR-146b sobre la viabilidad celular y la proliferación.

Autores: Xin Tao, Shujie Liu, Xiaoming Men y Ziwei Xu

Citación: Biología Directa 2017 12 :27

Publicado el: 25 de noviembre de 2017

ZFAS1: un ARN largo no codificante asociado con los ribosomas en las células del cáncer de mama

La mayor parte del genoma eucariota se transcribe, lo que produce una red compleja de transcripciones que incluye miles de lncRNA que generalmente carecen de potencial de codificación de proteínas. Sin embargo, solo un pequeño porcentaje de estos meses.

Autores: Herah Hansji, Euphemia Y. Leung, Bruce C. Baguley, Graeme J. Finlay, David Cameron-Smith, Vandre C. Figueiredo y Marjan E. Askarian-Amiri

Citación: Biología Directa 2016 11 :62

Publicado el: 21 de noviembre de 2016

Identificación de microARN reguladores Escherichia coli Infección por F18 en lechones destetados de Meishan

Escherichia coli F18 es el principal responsable de la diarrea posdestete (PWD) en lechones. La regulación molecular de E. coli La resistencia al F18 en lechones domésticos chinos destetados sigue siendo ob.

Autores: Zhengchang Wu, Weiyun Qin, Seng Wu, Guoqiang Zhu, Wenbin Bao y Shenglong Wu

Citación: Biología Directa 2016 11 :59

Publicado el: 3 de noviembre de 2016

Modulación impulsada por la edad de fragmentos derivados de tRNA en Drosophila y sus posibles objetivos

El desarrollo de tecnologías de secuenciación y la computación de apoyo permiten el descubrimiento de pequeñas moléculas de ARN que anteriormente escaparon a la detección o fueron ignoradas debido a un bajo número de recuentos. Mientras que el foco en el anal.

Autores: Spyros Karaiskos, Ammar S. Naqvi, Karl E. Swanson y Andrey Grigoriev

Citación: Biología Directa 2015 10 :51

Publicado el: 16 de septiembre de 2015

¿Unión de ADN de argonauta de mamíferos?

Cuando un campo comparte el consenso de que un fenómeno en particular NO ocurre, esto puede reflejar extensas investigaciones experimentales con resultados negativos, o puede representar la posición basada en el “sentido común”.

Autores: Neil R Smalheiser y Octavio L A Gomes

Citación: Biología Directa 2014 10 :27

Publicado el: 4 de diciembre de 2014

Exploración de la estabilidad del ARN no codificante intergénico largo en células K562 mediante estudios comparativos de conjuntos de datos de ARN-Seq

La estabilidad de los ARN no codificantes intergénicos largos (lincRNA) que poseen expresión específica de tejido / célula podría estar estrechamente relacionada con sus funciones fisiológicas. Sin embargo, el mecanismo asociado con stabi.

Autores: Lei Wang, Dequan Zhou, Jing Tu, Yan Wang y Zuhong Lu

Citación: Biología Directa 2014 9 :15

La plaqueta humana: las fuertes correlaciones del transcriptoma entre los individuos se asocian débilmente con el proteoma plaquetario

Para las plaquetas anucleadas, no está claro qué tan bien se correlacionan los transcriptomas plaquetarios entre diferentes donantes o entre diferentes plataformas de perfiles de ARN, y cuál es la relación de los transcriptomas con t.

Autores: Eric R Londin, Eleftheria Hatzimichael, Phillipe Loher, Leonard Edelstein, Chad Shaw, Kathleen Delgrosso, Paolo Fortina, Paul F Bray, Steven E McKenzie e Isidore Rigoutsos


El ADN no codificante se adapta

Gran parte del ADN "basura" en Drosophila muestra signos de selección negativa o positiva, según un estudio de esta semana Naturaleza. Un análisis de Peter Andolfatto de la Universidad de California, San Diego, revela que alrededor de la mitad de los Drosophila El ADN está evolutivamente limitado y gran parte del ADN divergente restante ha experimentado una evolución adaptativa. Ambos tipos de selección muestran que "este ADN no codificante en realidad tiene importancia funcional para el organismo", dijo Andolfatto.

"Sabemos desde hace un tiempo que era posible que veas restricciones, esencialmente, selección negativa, en regiones que no codifican", dijo Gerald Wyckoff de la Universidad de Missouri-Kansas City, que no participó en el estudio. "pero su metodología deja tan claro que este tipo de selección es abundante".

Durante el estudio, Andolfatto analizó polimorfismos en 35 fragmentos codificantes y 153 fragmentos no codificantes esparcidos por el Drosophila melanogaster Cromosoma X Comparó estos datos con D. melanogasteres pariente cercano, D. simulanos.

Andolfatto utilizó mutaciones sinónimas (mutaciones en el ADN codificante que no provocan cambios en la secuencia de aminoácidos) como marcadores de evolución neutra. Al comparar la velocidad a la que se acumulan las mutaciones sinónimas con la velocidad de las mutaciones en el ADN no codificante, Andolfatto descubrió que la mayoría del ADN no codificante en D. melanogaster evoluciona sensiblemente más lento, con menos polimorfismos y menos divergencia, que los sitios sinónimos de evolución neutral. Estimó que los niveles de restricción son del 40% para los intrones, el 50% para las regiones intergénicas y el 60% para las regiones no traducidas (UTR).

Aunque los niveles reducidos de polimorfismo y divergencia son consistentes con la selección negativa, sigue siendo posible que el ADN no codificante simplemente tenga una tasa de mutación más baja, dijo Andolfatto. Sin embargo, también encontró que los polimorfismos individuales en el ADN no codificante tendían a aparecer con una frecuencia baja en la población, exactamente el patrón esperado en la selección negativa. "Hay mucha más restricción allí de lo que pensábamos anteriormente", dijo Andolfatto.

Dado que las secuencias de ADN no codificantes mostraban tanta evidencia de selección negativa, Andolfatto pensó que esta conservación de la secuencia podría estar ocultando una mayor divergencia en algunos sitios, el sello distintivo de la evolución adaptativa. Para filtrar algunos efectos de la selección negativa, excluyó los polimorfismos raros de su análisis, porque "es más probable que sean objetivos de la selección negativa en curso que los polimorfismos en frecuencias más altas", dijo Andolfatto. El Científico. "Con los efectos de la selección negativa minimizados, la firma de la selección positiva es más evidente".

Encontró una divergencia inesperadamente alta entre Drosophila especies en UTR, intrones y ADN intergénico, lo que sugiere que este ADN no codificante fue conducido a la fijación por selección positiva. Utilizando pruebas estadísticas, estimó que aproximadamente el 20% de la divergencia de nucleótidos en intrones y ADN intergénico y el 60% de la divergencia de UTR se dirigió a la fijación por selección positiva.

El artículo de Andolfatto muestra que "las metodologías que hemos estado usando para detectar la selección positiva son muy conservadoras, más conservadoras de lo que pensábamos que eran", dijo Wyckoff. El Científico. "La selección positiva, que es interesante, porque ese es el sello distintivo de la adaptación, es en realidad más abundante de lo que pensábamos".

Según un artículo adjunto de News & amp Views de Alexey S. Kondrashov del Centro Nacional de Información Biotecnológica de los NIH en Bethesda, Maryland, los hallazgos de Andolfatto no demuelen por completo la teoría neutral de la evolución del genoma. Si bien esta teoría, que dice que la mayoría del ADN no codificante carece de función y la evolución la ignora, puede no ser relevante para Drosophila, todavía funciona para mamíferos y otros vertebrados, escribe Kondrashov.

"Bien podría ser que gran parte del genoma de los mamíferos sea realmente basura" y, por lo tanto, experimente una evolución neutral, dijo Andolfatto. El ADN no codificante de mamíferos puede contener sitios seleccionados positivamente, dijo, pero "si los sitios seleccionados positivamente están enterrados en basura, son más difíciles de encontrar".

Dado que la mayoría de los animales poseen mucho más ADN no codificante que codificante, incluso una pequeña cantidad de adaptación no codificante puede contribuir en gran medida a la función del genoma, dijo Andolfatto. "La firma de la selección positiva es más débil en el ADN no codificante, pero hay mucho más ADN no codificante que ADN codificante", dijo Andolfatto. "Entonces, si sumas todo el genoma ... te das cuenta de que quizás la evolución de las proteínas no sea tan importante después de todo".


Investigación de series de longitud de secuencias de ADN codificantes y no codificantes de bacterias mediante análisis de correlación cruzada sin tendencia multifractal

En el marco del análisis de correlación cruzada sin tendencia multifractal, investigamos las características de series de longitud de secuencias de ADN codificantes y no codificantes de algunas bacterias y arqueas. Proponemos el uso de una serie de correlación cruzada multifractal que se puede definir para cualquier par de secuencias de datos de igual longitud (o series de tiempo) y que se puede caracterizar por el conjunto completo de parámetros que se atribuyen a cualquier serie de tiempo. La comparación entre las características de series de longitud de secuencias de ADN codificantes y no codificantes y de sus series de correlación cruzada multifractal asociadas para grupos seleccionados se usa para la identificación de la afiliación de clase de ciertas bacterias y arqueas. El análisis se lleva a cabo utilizando la dependencia del exponente de Hurst generalizado del tamaño de las fluctuaciones, la forma de los espectros de singularidad, la forma y disposición relativa de las curvas del exponente de escala de medidas singulares y los valores de los parámetros asociados. Empíricamente, demostramos que la serie de longitudes de secuencias codificantes y no codificantes, así como la serie de correlación cruzada multifractal asociada pueden aproximarse como multifractales universales.


El cáncer puede ser provocado por mutaciones no codificantes del ADN

Los científicos de EE. UU. Han identificado cerca de 200 mutaciones en el ADN no codificante que desempeñan funciones funcionales en diferentes cánceres. La mayoría de los loci de rasgos cuantitativos de expresión somática (eQTL) parecen tener un impacto en un conjunto de vías centrales, lo que hace posible clasificar los tumores en subtipos basados ​​en vías, sugieren los investigadores de la Universidad de California, San Diego (UCSD) y Stanford. Facultad de Medicina de la Universidad.

“La mayoría de las mutaciones relacionadas con el cáncer ocurren en regiones del genoma fuera de los genes, pero hay tantas que es difícil saber cuáles son realmente relevantes y cuáles son simplemente ruido”, dice el autor principal Trey Ideker, Ph.D., profesor de la Facultad de Medicina de UC San Diego y del Moores Cancer Center. & # 8220 Aquí, por primera vez, encontramos alrededor de 200 mutaciones en el ADN no codificante que son funcionales en el cáncer, y eso es alrededor de 199 más de lo que sabíamos antes & # 8221.

Los hallazgos indican que la red identificada de eQTL se interrumpe en el 88% de los tumores, "lo que sugiere un impacto generalizado de las mutaciones no codificantes en el cáncer", escribe el equipo en su artículo publicado en Genética de la naturaleza, que se titula "Una red transcripcional global que conecta mutaciones no codificantes con cambios en la expresión génica tumoral".

Los tumores humanos son enormemente complejos y hay muchos subtipos que muestran diferentes características moleculares, celulares y clínicas, explican los autores. Sin embargo, tales regiones codificantes representan menos del 2% del genoma humano y, como señala el equipo dirigido por UCSD, "la atención ahora se está desplazando hacia el mayor número de mutaciones somáticas en regiones no codificantes". Los genomas del cáncer están "repletos" de mutaciones no codificantes, escriben, pero todavía no entendemos realmente qué mutaciones no codificantes son relevantes para el desarrollo y la progresión del cáncer.

Si bien iniciativas como The Cancer Genome Atlas (TCGA) y International Cancer Genome Consortium (ICGC) han intentado obtener nuevos conocimientos sobre la complejidad de los diferentes tipos de tumores, su enfoque inicial se centró inicialmente en las regiones codificantes de proteínas, aunque TCGA identificó un cáncer mutación no codificante relacionada en el promotor del gen de la transcriptasa inversa de la telomerasa (TERT). Y aunque se han encontrado mutaciones somáticas recurrentes en otros loci no codificadores, como señala el equipo de UCSD, “evaluar la función de estas mutaciones, si las hay, ha sido un desafío.

Para identificar mutaciones no codificantes que están asociadas con efectos funcionales en el cáncer, el equipo del Dr. Ideker volvió a los datos de TCGA y llevó a cabo un análisis sistemático de 930 tumores, integrando secuencias del genoma completo, perfiles de expresión de ARNm emparejados y mapas de interacción transcripcional de referencia. & # 8220La salsa secreta era buscar cambios en la expresión genética & # 8221, señala el Dr. Ideker, quien también es fundador del Centro de Biología Computacional y Bioinformática de UC San Diego y codirector de la Iniciativa de Mapas de Células de Cáncer ".

A partir de sus conjuntos de datos resultantes y análisis adicionales, el equipo identificó 193 loci no codificantes en los que se encontró que las mutaciones interrumpían la expresión del gen objetivo. La mayoría de estos loci identificados se validaron en una segunda cohorte independiente de otros 3382 tumores de la cohorte ICGC.

Curiosamente, mientras que los eQTL somáticos relacionaron mutaciones no codificantes con los niveles de expresión de 13 genes supresores de tumores u oncogenes conocidos, la mayoría de las mutaciones no codificantes no se asociaron con genes asociados al cáncer ya conocidos, señalan los autores. Por el contrario, muchos de los genes afectados por las mutaciones de eQTL "aún no son ampliamente apreciados como impulsores del cáncer", señala el equipo, "lo que motiva más estudios sobre la base mecanicista de las mutaciones no codificantes en el cáncer".

Se encontró que muchos de los eQTL somáticos identificados mutaban comúnmente en tejidos cancerosos específicos. "Más allá del promotor de TERT, que está muy mutado en varios tejidos ... encontramos loci mutados de forma recurrente asociados con la expresión de DHX34 (mutado en el 43% de los linfomas difusos de células B grandes), TUBBP5 (el 29% de los linfomas y el 17% de los cánceres de hígado). ), HYI (21% de melanoma) y PCDH1 (19% de leucemia mieloide aguda), entre otros ”, escribe el equipo. "De las aproximadamente 200 mutaciones no codificantes que se han identificado previamente como recurrentes en el cáncer, un tercio también se identificó aquí como loci mutados de manera recurrente, incluidas mutaciones bien conocidas en los promotores de PLEKHS1 y DPH3".

Y aunque la mayoría de los eQTL somáticos mutaron en más de un tejido, 12 mutaron casi exclusivamente en melanoma. De hecho, el 80% o más de las mutaciones ocurrieron en el melanoma. “Este enriquecimiento de un solo tejido no se observó en ningún otro tipo de tejido”, señalan los investigadores.

Aunque no es posible tener la certeza absoluta de que la asociación entre todas las mutaciones no codificantes y los cambios en la expresión génica sean causales, el equipo probó varias de las mutaciones no codificantes en células cultivadas para ver sus efectos en los genes diana y la función celular. . “Un ejemplo que se destacó fue una mutación no codificante que afecta a un gen llamado DAAM1”, agrega el primer autor del estudio, Wei Zhang, Ph.D., investigador postdoctoral en el laboratorio de Ideker. Los estudios del equipo habían identificado un eQTL somático aguas arriba de DAAM1, que los resultados de ambas cohortes de pacientes mostraron que mutaba de forma recurrente en pacientes con melanoma metastásico.

Subsecuente in vitro Los estudios en los que se introdujeron mutaciones directamente en células cultivadas indicaron que la mutación provoca una regulación positiva de la expresión de DAAM1, lo que aumenta la capacidad de las células para invadir el microambiente local, "vinculando así esta mutación no codificante con la sobreexpresión de DAAM1 y la invasión celular", escriben. & # 8220DAAM1 activa las células tumorales más agresivas y más capaces de invadir los tejidos circundantes ”, afirma el Dr. Zhang. El equipo probó otras dos de las mutaciones no codificantes identificadas en las células. in vitro para respaldar un vínculo causal entre las mutaciones y los cambios en la expresión génica.

Los investigadores también investigaron la relación entre los 196 genes que estaban regulados transcripcionalmente por los eQTL somáticos y los 138 genes que previamente se había documentado que tenían mutaciones codificantes recurrentes en el cáncer. "Este enfoque identificó una colección de regiones de la red ... que estratificó los tumores en una jerarquía de subtipos cada vez más específicos". Entre estos, cuatro de los subtipos contenían una gran proporción de pacientes con mutaciones no codificantes.

Uno, el & # 8220CDKN2A-EGFR-TERT subtipo, & # 8221 se caracterizó por la interrupción de la secuencia codificante de CDKN2A, a veces en combinación con mutaciones no codificantes del promotor TERT, activación de EGFR o activación de BRAF. Un segundo subtipo de tumor, & # 8220TERT – BRAF – IDH1, & # 8221, incluía tumores con mutaciones o amplificaciones no codificantes de TERT, que en algunos pacientes también se combinaron con alteraciones codificantes de genes relacionados funcionalmente, como BRAF y SKP2. El tercer subtipo, & # 8220PIK3CA – PEX26 – GATA3, & # 8221 combinó alteraciones de codificación que activaban PIK3CA e inactivaban GATA3 con alteraciones no codificantes que regulaban negativamente PEX26. El cuarto subtipo de tumor, & # 8220APOBEC2 – ARID1A – CTNNB1, & # 8221 combinó mutaciones no codificantes dentro de un potenciador de APOBEC2 y alteraciones de codificación en ARID1A y CTNNB1.

Los investigadores planean investigar si hay diferentes subtipos de cáncer que tienen un patrón común de mutaciones codificantes y no codificantes. Uno de los objetivos será averiguar si dichos patrones mutacionales pueden proporcionar conocimientos de diagnóstico o pronóstico, o ayudar a los médicos a prescribir la terapia más eficaz para pacientes individuales, en función del perfil mutacional no codificante y codificante de su tumor.


ADN no codificante

En genómica y disciplinas relacionadas, las secuencias de ADN no codificantes son componentes del ADN de un organismo y rsquos que no codifican secuencias de proteínas. Algunos ADN no codificantes se transcriben en moléculas de ARN no codificantes funcionales (p. Ej., ARN de transferencia, ARN ribosómico y ARN reguladores), mientras que otros no se transcriben o dan lugar a transcripciones de ARN de función desconocida. La cantidad de ADN no codificante varía mucho entre especies. Por ejemplo, más del 98% del genoma humano es ADN no codificante, mientras que solo alrededor del 2% de un genoma bacteriano típico es ADN no codificante.

Inicialmente, una gran proporción de ADN no codificante no tenía una función biológica conocida y, por lo tanto, a veces se lo denominaba "ADN no codificante", particularmente en la prensa común. Sin embargo, muchos tipos de secuencias de ADN no codificantes tienen funciones biológicas importantes, incluida la regulación transcripcional y traduccional de secuencias codificantes de proteínas, los orígenes de la replicación del ADN, los centrómeros, los telómeros, las regiones de unión al andamio (SAR), los genes para los ARN funcionales y muchos otros. . Otras secuencias no codificantes tienen funciones probables, pero aún no determinadas. Algunas secuencias pueden no tener ninguna función biológica para el organismo, como los retrovirus endógenos.


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