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¿Cómo construir una estructura de proteína trimérica a partir de un archivo PDB monomérico?

¿Cómo construir una estructura de proteína trimérica a partir de un archivo PDB monomérico?


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Problema: Tengo un archivo PDB, con un monómero, pero me gustaría mostrar la estructura completa, que es trimérica, pero no entiendo cómo fusionar / construir o combinar las unidades monoméricas en su estructura completa en COOT, SWISS-PDBviewer o pymol?

Aquí hay un enlace al complejo de proteínas que estoy viendo.

Agradecería: Pautas sobre cómo hacer esto (preferiblemente en focha, pymol o Swiss-PDBviewer), o una referencia a un tutorial que realmente pase por esto ¡sería genial!

Para referencia: Encontré algunas descripciones sobre cómo "construir / fusionar" con el visor de PDB suizo aquí. Y en los hilos de esta discusión encontré descripciones de cómo hacerlo con otras herramientas de gráficos moleculares también (aunque no lo entiendo completamente)

Lo que he probado: En el tutorial para SWISS-PDBviewer (enlace), puedo seguir algunas de las instrucciones, pero no puedo seguirlas por mucho tiempo:

  • Yo subo Tres del mismo archivo PDB en SWISS PDBviwerer (están superpuestos)
  • Puedo acceder / ver las capas en la "información de capas"
  • Se me dice que abra el "ícono de texto" para ver el archivo de texto PDB y busque las filas "mtrix", que deben aparecer justo antes de las filas del "átomo". Como se cita en las instrucciones:

" Desplácese hacia abajo en el archivo pdb hasta encontrar las líneas MTRIX (están justo antes de las líneas ATOM). Puedes ver 9 líneas MTRIX. Representan tres matrices de transformación y le permiten construir las simetrías no cristalográficas de la proteína "

No puedo encontrar el "mtrix " filas en el archivo de texto PDB, y no estoy muy seguro de cómo seguir las siguientes instrucciones (enlace) después de esto también. No puedo hacer clic en ninguna parte del archivo de texto, luego aparece el error: "Lo siento, no puedo reconocer ninguna información en la que se pueda hacer clic debajo de este puntero ...

Esto es lo que veo sobre el "átomo" hilera:


El archivo PDB solo contiene la unidad asimétrica y no hay información sobre un posible multímero biológico relevante. Por lo tanto, necesitará obtener información sobre el estado en solución de manera experimental.

Dicho esto, a menudo se puede deducir del tamaño de la superficie de contacto si tiene una estructura cuaternaria potencial. Puede hacer esto a mano, pero el servidor PISA es bastante útil allí, y también generará el archivo PDB multimer:

http://www.ebi.ac.uk/pdbe/pisa/

Si solo desea aplicar operadores de simetría a su unidad asimétrica para crear relaciones de posición de simetría, puede hacerlo en

Pymol: - haga clic en Acción / generar / compañeros de simetría / dentro de X Å - desde la línea de comando: prefijo symexp, selección, corte, p. Ej. symexp sym, 1GVF, (1GVF), 5 ver también http://pymolwiki.org/index.php/Symexp Coot: - si solo desea ver las relaciones de posición de simetría, active Ver / Celda y simetría con un radio apropiado y / o seleccione "Simetría por molécula"; si realmente desea crear las relaciones de posición de simetría, pruebe Extensiones / Modelado / Nueva molécula de Symmetry Op; sin embargo, tendrá que especificar SymOp manualmente.

Necesitará tener el registro CRYST1 en su archivo PDB con el grupo de espacio correcto.


No hay tarjetas MTRIX para esa molécula. Este parece el camino más fácil:

http://www.rcsb.org/pdb/explore.do?structureId=4G3Y

Descargar archivos -> Ensamblaje biológico 1

es decir.:

http://www.rcsb.org/pdb/files/4G3Y.pdb1.gz

Y lee ese archivo en Coot (si lo deseas)


Ver el vídeo: How to make PDB file of your protein sequence. I-TESSER result analysis. 3D structure of Protein (Febrero 2023).